在追訴犯罪方面，積極肅貪及掃除黑金犯罪、加強查察賄選犯罪、全力查緝非法槍枝、防制洗錢犯罪、嚴厲查緝毒品、加強查緝智慧財產權犯罪、防制經濟及電腦網路犯罪、加強司法婦幼保護等各類案件之偵辦上不遺餘力，期能澄清吏治、端正選風，確保民眾生命、財產之安全，以促進社會祥和，奠定民主法治根基。

在刑事執行業務方面，案件依刑事訴訟法第456條之規定於裁判確定後，迅速依法指揮執行，以貫徹國家刑罰權。本署為求慎刑恤獄，對於短期自由刑易科罰金案件均從寬審核。

在觀護業務方面，司法保護工作是刑事司法處理流程中之重要一環，除對假釋中及刑事處分執行完畢後之出獄人給予保護管束及更生保護，以確保執行成效，預防再犯外，為預防犯罪、保護人權，還包括對一般社會大眾之法律推廣、犯罪研究、犯罪預防及犯罪被害人保護等。司法保護之範疇極廣，處於整個刑事政策中之始及終兩個階段，對於維護社會安全、消弭犯罪及保障人民權益等，均具有極重要之地位與任務。

近年來由於犯罪被害人保護法、家庭暴力防治法等公布實施，有關犯罪被害補償金之審議、支付及求償，以及對家庭暴力罪案件民事保護令之聲請，逐漸成為本署重要工作之一。此外強化成年觀護及出獄人更生保護業務，使犯罪者能改過遷善，輔導受保護管束人自力更生，適應社會生活，預防其再犯，以維護社會安寧。