犯罪乃一種反社會行為，增加社會負擔，破壞社會秩序，危害社會安全。而打擊犯罪，預防犯罪，改善社會治安為檢察機關之職責，亦為當前政府的刑事政策，為維護社會治安，必須貫徹執行。

（一）掃黑除暴：從速偵辦重大暴力刑案及執行掃黑工作，為當前維護社會治安首要工作，指派主任檢察官、檢察官組成專案小組，統合轄區警、調、憲單位人員展開掃黑行動及查緝組織犯罪以確保社會安寧。

（二）檢肅貪瀆：為澄清吏治、端正政風，依據「肅貪行動」方案，於82年9月成立「肅貪執行小組」，結合檢、調、政風等單位力量，打擊貪瀆犯罪，從嚴偵查追訴。

（三）全力緝毒：為保障國民健康，重建純淨社會，貫徹「向毒品宣戰」政策。於82年7月間成立「緝毒執行小組」，與調、憲、警等單位密切配合，全力查緝毒品犯罪，以遏阻毒品氾濫。

（四）查察賄選：為淨化選舉，端正選風，成立「查察賄選執行小組」及「查察賄選聯繫中心」，指揮調、警人員執行查察蒐證，並受理告訴、告發、自首及選舉賄選有關妨害選舉刑事案件，積極偵辦賄選案件。

（五）針對本轄特殊環境積極偵辦毒、電、炸魚案件：澎湖地區四面環海，水產資源豐富，居民泰半靠捕漁為生，漁業收益為全縣最主要經濟來源，極具重要性。然近幾年來，部分漁民為貪圖近利以氰酸鉀、電氣及爆裂物等不法方法來毒、電、炸魚之風甚熾，不但違反漁業法規且嚴重危害澎湖漁業資源與海洋生態，導致沿海漁產日漸減少。為有效遏阻不法漁民，特成立「查緝毒魚執行小組」由本署檢察官親自率領法警及相關人員或指揮警察人員與澎湖縣政府人員配合積極查緝，以確保澎湖近海生態環境及漁業資源。

（六）偵辦電腦網路犯罪：使用電腦人口不斷增加，電腦網路如雨後春筍般快速成立，網路犯罪亦隨之而起。為防制此一新興犯罪形態，結合檢、調、警、電信、資訊等相關單位共同查緝，以維護網路秩序及遏阻電腦犯罪。

（七）積極查辦破壞國土，濫墾、濫伐事件：澎湖地區近幾年來不法商人在山坡地廢耕農地及海岸盜採沙石日趨嚴重，不但破壞環境生態，亦嚴重影響到自然生態的平衡，造成土石流及海岸土地流失，為配合政府政策，加強取締不法商人濫墾濫伐之犯罪行為，本署配合警察機關、縣政府相關人員組成執行取締小組，嚴密查察，從嚴追訴，並於起訴時請求法院從重量刑，以有效遏阻，並確保國土之完整及維護自然生態。